De eeuw na de eerste refuge: van 1578 tot 1685
De godsdiensthervormingen die Luther en Calvijn aan het begin van de zestiende eeuw hadden ingezet en de daarop volgende geloofsvervolgingen leidden in 1568 tot het uitbreken van de Tachtigjarige Oorlog, en in 1588 tot de stichting van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. Nederland werd daarmee een wijkplaats voor protestanten, die in de meeste Europese landen hun leven niet zeker waren.
Een cruciale gebeurtenis was de Bartholomeüsnacht van 24 augustus 1572, waarbij in Frankrijk bijna alle leiders van de Hugenoten, zoals de Franse calvinisten zich noemden, werden vermoord. Vanuit Frankrijk en de door Spanje bezette Zuidelijke Nederlanden kwam een stroom vluchtelingen op gang (de 'refuge'), die na de val van Antwerpen in 1585 verder toenam. Onder hen waren uiteraard veel Frans sprekende hervormden, die zich begrijpelijk genoeg aaneensloten om in hun eigen taal kerkdiensten te kunnen houden. Dit is de oorsprong van de Waalse Kerken.
Alleen al in de periode 1571-1590 werden vijftien Waalse kerken opgericht, merendeels in de grote steden. Van meet af aan hebben de Waalse Kerken deel uitgemaakt van de Nederlandse Hervormde Kerk. Dit werd besloten tijdens de Nationale Synode die in 1578 in Dordrecht werd gehouden.
1578 was ook het jaar waarin de katholieke regenten in Amsterdam plaats moesten maken voor een protestants bestuur, dat omstreeks 1586 de kapel van het Paulusbroederklooster overdroeg aan de omvangrijke groep 'Walen' die in de florerende handelsstad hun heil hadden gezocht. Het oude terrein van het Paulusbroederklooster werd in hoog tempo volgebouwd. In 1616 kreeg de Waalse Kerk een extra ingang aan de Oude Hoogstraat.
In 1631 kocht de diaconie van de Waalse Kerk drie panden aan de Laurierstraat, waar het Hospice Wallon, het Walen-Weeshuis, werd gevestigd. Naast wezen vonden ook weduwen en bejaarden hier onderdak. In 1683 verhuisde het Hospice naar een nieuw gebouwd pand aan de Vijzelgracht, dat tot 1967 als zodanig in gebruik is geweest (het tegenwoordige Institut français).
De kerk zelf werd in 1661 verbouwd en uitgebreid met een zuidbeuk, waarmee ze ongeveer haar huidige gedaante kreeg. Van de oude kloostertuin bleef alleen een bescheiden binnenplaats over, het Sint Jorishof.