In het jaar 1680 leverde de Gentse orgelmaker Nicolaas Langlez de Waalse Kerk haar eerste orgel. Hiervan zijn de kas (met datum 1680) en een aantal registers bewaard gebleven. Het orgel voldeed blijkbaar niet, want in de daaropvolgende jaren werd er veel aan gesleuteld. Uiteindelijk kreeg Christian Müller, die het orgel vanaf 1722 in onderhoud had, in 1733 de opdracht een geheel nieuw orgel te maken, dat al in 1734 werd opgeleverd. Müller vernieuwde de windladen, het mechaniek, de klavieren en de windvoorziening. Het orgel kreeg een zelfstandig pedaal, waarvoor Müller een nieuwe kas bouwde achter het hoofdwerk, bovenop het balgenhuis. Om het pedaalwerk voldoende 'uitspraak' te geven maakte hij een luik in de zoldering van de kas, dat met een touw te bedienen was. Bij de restauratie van 1965 werd dit mechaniek in zijn oorspronkelijke staat hersteld.